Existen, como se puede observar en el organigrama, 5 cuerpos subsidiarios en la Comisión que trabajan tanto en sentido «horizontal» como en sentido «vertical». Los Comités que trabajan horizontalmente, son aquellos que desarrollan normas aplicables a los productos en general o establecen una política global, procesos, o sistemas de vigilancia; son los llamados Comités de Asuntos Generales, y los Comités Regionales de Coordinación.

En los Comités de Asuntos Generales se encuentran los comités que desarrollan su trabajo en las áreas de aditivos y contaminantes, etiquetado, muestreo y análisis, residuos de plaguicidas, etc. Los Comités Coordinadores Regionales, como su nombre indica, atienden aquellos asuntos que afecten a cada una de las cinco regiones del mundo que el programa ha establecido y que serán enviados a la Comisión para su estudio.

Organos subsidiarios de la Comisión del Codex Alimentarius - Subsidiary bodies of the Codex Alimentarius - Commission Organes subsidiares de la Commission du Codex Alimentarius

Los Comités Mundiales del Codex sobre Productos elaboran normas de carácter vertical, es decir trabajan directamente con los productos alimenticios, cacao, cereales, aceites y grasas, azúcares y demás. Actualmente 11 de estos comités han terminado el trabajo asignado por lo cual se encuentran en estado latente (sine die) hasta que sea necesario su reactivación.

La Comisión es administrada por un Secretariado conjunto de la FAO y la OMS. Por conveniencia en el trabajo, la sede se ubica en Roma, Italia.

El presupuesto para el desarrollo del programa, está cubierto en un 82 por ciento por la FAO y un 18 por ciento por la OMS, y es del orden de aproximadamente 5,17 millones de dólares EE.UU. por bienio, Los gobiernos de los países que hospedan a los diferentes comités de trabajo cubren los gastos inherentes a las reuniones.

Existe un Comité Ejecutivo que tiene como objetivo actuar como órgano ejecutivo entre los períodos de sesiones de la Comisión, orientar las actividades, desarrollar un programa de trabajo, estudiar y ayudar a la realización del programa que la Comisión hubiese aprobado. Está formado por un Presidente, tres Vicepresidentes, un Secretariado, representantes de las zonas geográficas y los Coordinadores de las regiones o cualquier grupo de países que sean específicamente enumerados por la Comisión, Durante la última reunión de la Comisión fueron elegidos por un mandato de dos años, como Presidente el Dr. Pakdee Pothisiri (Tailandia) y como Vicepresidentes los señores J.A, Abalaka (Nigeria), D. Gascoine (Australia) y S. Van Hoogstraten (Países Bajos). Los países que fueron elegidos para representar las áreas geográficas fueron: Túnez (Africa), Malasia (Asia), Uruguay (América Latina y el Caribe), Estados Unidos de América (América del Norte) y Nueva Zelandia (Pacífico Sudoccidental).