En l'absence d'une administration pharmaceutique forte et bien structurée, le Ministère de la Santé publique n'a pas un mécanisme fonctionnel d'assurance de qualité des médicaments. Chaque importateur assure la qualité de ses importations.

Sur le plan pratique, pour les médicaments circulant sur le marché national, le Ministère de la Santé Publique se réfère souvent à l'Agence du Médicament en France ou utilise le système de certification de l'OMS des médicaments entrant dans le commerce international.

L'Inspection de la Pharmacie, une des sections de la Division de la Pharmacie est opérationnelle mais il faut la renforcer davantage pour la rendre encore plus fonctionnelle.

Il n'existe pas un laboratoire de contrôle indépendant permettant de tester ou de contrôler la qualité de médicaments importés ou fabriqués localement.