Elle concerne l'évolution de l'infection à VIH en l'absence de toute intervention pouvant retarder la progression de la maladie. Dès le moment où l'infection est contractée jusqu'à ce que la maladie devienne visible, il peut se passer 5 à 10 ans chez 90% des individus. 5% des personnes infectées, vont développer la maladie au delà de 10 ans, ils sont appelés «progresseurs lents» tandis q'une infime partie seront appelés «non progresseurs» parce qu'ils n'auront pas développé la maladie au delà de 15 ans.

Alors qu'il existe une latence clinique, il n'y a pas de latence virologique. La multiplication virale continue de se faire.

Lorsqu'un individu est infecté par le virus, son organisme répond en produisant des anticorps dirigés contre le virus. Ceci prend environ 3 à 6 semaines dans la majorité des cas. Le temps qui s'écoule entre le moment où l'individu est infecté et celui où il produit des anticorps est appelé fenêtre sérologique. Pendant cette période bien que les tests sérologiques soient négatifs, la personne infectée peut transmettre le virus.

La principale cible du virus de l'immunodédifience humaine est le système immunitaire qui est détruit progressivement au fil des ans. Les infections opportunistes vont survenir et finir par détruire la personne infectée.

Stade I: Après que le test biologique se soit positivé, l'individu peut ne présenter aucun symptôme ou alors des adénopathies (Lymphadénopathie persitante généralisée). Ce stade peut durer 15 ans, sa durée est fonction d'un certain nombre de facteurs parmi lesquels l'état de santé, l'état nutritionnel, la fréquence et la sévérité de la ré-inoculation, la présence des autres infections sexuellement transmissibles, etc... A ce stade, le système immunitaire détruit de manière continue les virus pour maintenir la charge virale basse Pendant cette période, la personne peut transmettre l'infection et ignorer son statut

Stage II: Pendant cette période, la personne infectée commence à développer des symptômes non spécifiques qui peuvent aussi survenir chez des personnes non infectées: une perte de poids non voulue < à 10% du poids corporel, des infections cutanéo-muqueuses, le zona, des infections récurrentes des voies respiratoires hautes. Ces personnes sont susceptibles de transmettre l'infection et sont le plus souvent, ignorantes de leur statut

Stage III: Au cours de cette période, la personne infectée commence à développer le syndrome clinique du SIDA qui se définit comme la présence d'une ou plusieurs affections opportunistes, les leucoplasies chevelues, une perte de poids>10% du poids corporel et des infections plus sévères et résistantes aux traitements. Le stade III a une durée de 1 à 3 ans.

Stage IV: La durée de cette phase va de l'installation du SIDA à la mort. Elle est variable allant de quelques semaines à plusieurs années. Les ARV peuvent considérablement prolonger l'espérance de vie de 20 ans ou plus en diminuant la charge virale. La prise en charge précoce et la prévention des infections opportunistes permet aussi de prolonger la vie.